计算机软件著作权申请流程可以分为以下几个步骤：

1. 编写、修改、打印操作手册和代码文件：申请人若在源程序和文档页眉上标注了所申请软件的名称和版本号，应当与申请表中相应内容完全一致，右上角应标注页码，源程序每页不少于50行，最后一页应是程序的结束页，文档每页不少于30行，有图例外。
2. 网上填写申请表：在中国版权保护中心网站上，先进行用户注册，然后用户登陆，在线按要求填写计算机软件著作权申请表后，确认、提交并在线打印出此申请表。
3. 手机微信预约：提前预约现场办理时间，微信关注中国版权服务微平台，登记预约（预约人和办理人需要实名认证，必须为同一人）。
4. 提交申请文件：申请人按照要求提交纸质登记申请文件（打印好的①营业执照副本复印件②计算机软件著作权申请表③操作手册④代码文件⑤申请人/办理人/联系人身份证明原件）。
5. 登记机构受理申请：申请文件符合受理要求的，登记机构在当天予以受理，并向申请人发出受理通知书；不符合受理要求的进行修改，当天修改不完的需要重新预约办理时间再次办理。
6. 审查：经审查符合《计算机软件著作权登记办法》规定的，予以登记；不符合规定的，发放补正通知书。申请文件存在缺陷的，申请人或代理人应根据补正通知书要求，在30个工作日内提交补正材料，逾期未补正的，视为撤回申请。
7. 获得登记证书：申请受理之日起45个工作日后（可在官网状态处查询办理环节和办理状态），携带软件登记受理通知书及身份证前往北京天桥版权保登记大厅换取软件著作权证书原件。