采集方法:
1)用采样拭子采取足够数量的粪便样本(每管保存液采集至少0.2g新鲜粪便样品,最多可保存0.5 g粪便样本)。
2)将带有足够数量样品的采样拭子刷放进装有粪便保存液的小瓶内,并快速搅动十次左右,以洗脱刮刷上样品,然后从尾部推进采样拭子头部,拧紧瓶盖。
4.保存条件:保存液可在常温条件下粪便中宿主与微生物的DNA可保存60天,在-20℃和-80℃下可长期保存。
粪便核酸提取方法:
磁珠法(适用于全自动核酸提取仪)
1)转移600 µl样品(或称取粪便样本180-300 mg)至2 ml离心管中。
2)加入600µlCY1(液体样本不加CY1),15 µL蛋白酶K,使样本均匀分散于溶液中。
3)在70℃加热悬浮液5min(难以溶解的细胞溶解温度可以提高到95℃)
4)12000rpm离心1min,取出全部上清到新的离心管,加10uL磁珠和0.25mLCY2,充分混匀(可用混匀器),放置在磁力架上静置约20s,吸掉液体。
5)加入0.6mLCY3液体,充分混匀(可用混匀器),放置在磁力架上静置约20s,吸掉液体。
6)加入0.6mLCY4液体,充分混匀(可用混匀器),放置在磁力架上静置约20s,吸掉液体。
7)加入0.6mLCY4液体,充分混匀(可用混匀器),放置在磁力架上静置约20s,吸掉液体。
8)将离心管从磁力架上取下短暂离心,之后将离心管重新放回磁力架上,吸干液体。
9)室温干燥5-10min,加50μLCY5液体,混匀;置于65°C空气培养箱培养10min,期间涡旋混匀三次或置于65℃转速1600rpm金属浴中孵育5min; 磁力架上静置约20s,转移液体到新的离心管,测OD。
注:OD260/OD280比值应为1.7-1.9,如果洗脱时不使用洗脱缓冲液,而使用ddH2O,比值会偏低,因为pH值和离子存在会影响光吸收值,但并不表示纯度低。
如需去除RNA,可在上述步骤完成后,加入4μl浓度为100 mg/ml的RNase A溶液,震荡混匀,室温放置5-10分钟。
吸附柱法
1)转移600 µl样品(或称取粪便样本180-300 mg)至2 ml离心管中。
2)加入600µlCY1(液体样本不加CY1),15 µL蛋白酶K,使样本均匀分散于溶液中。
3)在70℃加热悬浮液5min(难以溶解的细胞溶解温度可以提高到95℃)
4)12000rpm离心1min,取出全部上清到新的离心管, 加入250 μlCY2,此时可能会出现絮状沉淀。盖上管盖并涡旋振荡15 sec,彻底混匀。充分混匀(可用混匀器)。简短离心以收集附着在管壁及管盖的液体。
5) 仔细将离心管中的溶液和絮状沉淀全部转移至吸附柱CR2。
注意:如果吸附柱上的液体未能全部离心至收集管中,请加大转速,延长离心时间至液体完全转移到收集管中。
6) 加入600 μlCY3,12000rpm离心1min。
7) 加入600 μlCY4,12000rpm离心1min。
8) 洗脱液(无DNA酶的水 ddH2O),12000rpm离心1min。
将吸附柱置于一个新的收集管(无DNA酶的 Centrifuge Tube )中,向吸附柱膜的中间部位悬空加入50μLCY5,室温放置2-5分钟,12000 rpm离心 1分钟,收集核酸溶液。
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