EM 菌是以光合细菌、乳酸菌、酵母菌和放线菌为主的10 个属、80 余种微生物复合而成的微生物活菌制剂。
 一、EM菌的作用原理
EM菌是一种高效的复合微生态制剂，主要通过菌群管理，使好的微生物成为优势菌群，从而抑制不好的微生物的生存空间，使环境适合生物的生活和生长；其次，当好的微生物成为优势菌群后，可以通过离子化和抗氧化作用，分解有害物质，降低氨氮、亚硝酸盐等的含量，使有害物质无害化。
主要作用机理表现为以下
5 个方面：1：形成丙suan、乳酸及乙suan等降低机体的 pH； 2：形成过氧化氢去除部分隐藏的病原菌；3：形成部分代谢产物以降低肠道中胺与氨的浓度；4：形成酶素促进物质的分解；5：形成非特异性免疫调节因子，增强动物免yi力。
二、EM菌在水产养殖中的应用
1.调节水质，形成良好的生态环境EM菌泼洒入水产养殖水体后快速生长和繁殖，形成有益菌优势种群。有益菌进入水体后可以快速分解养殖动物的代谢物及残饵等，有效降低水体亚硝酸盐与氨氮等有毒物质的浓度，水体中的有机物被分解以后为浮游植物的生长提供了相应的营养物质，浮游植物进行光合作用，又为养殖动物提供了大量的氧气，进而高效地优化了水质，使水体呈现“活、肥、爽、嫩”的状态，形成一个良性的生态循环，从而利于水产养殖动物的生长。 
2.提高免疫，增强鱼虾抵抗力 在饲料中添加适量的EM菌可有效促进养殖动物肠道有益菌生长和繁殖，调节肠道内菌群平衡，增强了鱼虾肠道消化酶的活性，有利于消化、吸收营养物质，激活免疫系统，增强抗病抗应激能力，增强养殖动物抵御病害的能力以及提高成活率，进而促进了生长。 
3.培育苗种，提高存活率 培育苗种对于养殖水体的水质有着较高的要求，水体中的水温、溶氧、氨氮、pH及亚硝酸盐等会对苗种造成非常大的影响。全池泼洒EM菌可促进有益菌群的生长、繁殖，利用微生物分解掉水体中的残留物质，可有效维持水质的稳定，为苗种营造优良的生态水质条件。此外，EM菌使用后可产生一些能被动植物吸收的物质，如氨基酸、有机酸、多糖、多种维生素等，被苗种摄食还可增强苗种的免yi力和存活率。
三、EM菌的使用及其注意事项
1.使用剂量 微生物制剂的使用数量并不是愈多愈好，在水体中投入过量的细菌反而会造成池塘生态体系失衡，使用剂量偏少又无法发挥相应的作用。因此，只有根据水色及各项理化指标合理规划泼洒浓度才能发挥EM菌的好效果。 
2. 使用时机在养殖前需定期投放 EM 菌，保持平稳的水色与菌藻相的均衡，结合肥水产品、解毒产品等的使用，建议养殖初期每周使用1次，后期为了提升水体的透明度，可每周使用两次，持续使用两周。使用EM益生菌12小时后，应注意池塘溶解氧情况，低于3.5毫 克/升应及时开启增氧机，防止缺氧浮头现象发生。 
3.存贮与保质期 EM菌应存放在避光凉爽的地方，适宜温度为5～45℃，超出这个温度范围，有些菌种的活力会受影响，应适当增加用量。EM菌应注意保质期，若气味有变化(出现异味)，可能变质，就不能使用。 
4.禁止与抗sheng素、消du剂等具有杀菌作用的药物同时使用抗sheng素、抗菌药物、化学消du药物等的使用能杀死或抑制有益菌群，造成菌群的紊乱，会降低EM菌的效果。若用抗sheng素，则要有间隔3天以上时间；若使用消du药，养殖水体在使用消du剂3天后应补加EM菌使用的剂量。