MALDI的原理是用激光照射样品与基质形成的共结晶薄膜，基质从激光中吸收能量传递给生物分子，而电离过程中将质子转移到生物分子或从生物分子得到质子，而使生物分子电离的过程。因此它是一种软电离技术，适用于混合物及生物大分子的测定。TOF的原理是离子在电场作用下加速飞过飞行管道，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测即测定离子的质荷比（M/Z）与离子的飞行时间成正比 ，检测离子。

质谱（MS）通过分析分子离子的质量电荷比（m/z）来鉴定和定量检测分子。质谱仪内的质谱可以解释为测定一个样本内不同分子的特性。质谱仪可以直接分析任何易电离的生物分子。

基质辅助激光解吸/电离（MALDI）的优势在于其样本与化学基质混合产生离子，使得样本分析前处理工作大大减少。基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）结合了两个技术，包括基质辅助激光解吸/电离（MALDI）离子源和飞行时间质谱（TOF）。基于基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）的概念，质谱完全改变了临床微生物室中的微生物的鉴定方法，因为它是一个快速、高通量、低成本的以及高效的系统。

原理：将样品分散在基质分子中并形成晶体。当用激光照射晶体时，基质从激光中吸收能量，样品解吸附，基质-样品之间发生电荷转移使得样品分子电离，电离的样品在电场作用下飞过真空的飞行管，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测，即通过离子的质量电荷之比（M/Z）与离子的飞行时间成正比来分析离子，并测得样品分子的分子量。例如，检测DNA样品时，DNA离子按其质量大小先后通过检测器，DNA片段越短，越早到达检测器。

样品种类一般为：蛋白质、核酸、多肽、大分子等。依据测试结果分为：低分辨和高分辨，低分辨精确到小数点后1位，高分辨精确到小数点后4位。

测试模式：有线性模式和反射模式，线性模式适合大分子（如蛋白质，核算，多聚物等），此模式分辨率和质量准确度低于反射模式，通常测得的为平均分子量。反射模式适合分子量＜5000Da的物质，如多肽，寡糖等，该模式分辨率高，可准确测得单同位素分子量。模式下面又分为：正离子和负离子模式，分子结构不同，有的更容易带正电，有的更容易带负电，正离子看的是带正电的离子，负离子看的是带负电的离子。常规是正离子模式。